Eso puede tener muchas posibles causas ... Lo primero que debería hacer es revisar con atención el uso que se hace del correo desde su dominio. Me refiero a si se hacen envíos masivos o si los correos que se envían pueden estar siendo marcados como spam por los receptores.
Revisa también si los correos tienen imágenes y/o enlaces que podrían hacer pensar al filtro de Google que se trate de envíos publicitarios o que esos enlaces apunten a páginas cuya seguridad pueda estar comprometida.
Google, además, utiliza su propio sistema de calificación, basado en reputación. Puedes consultar a este respecto en esta página: Postmaster Tools.